2147 yılında, Aegis şehri insanlığın son ütopyası olarak ayakta durmaktadır; her ihtiyacın karşılandığı ve her duygunun iyiliksever Konsey tarafından düzenlendiği, ışıl ışıl duvarlarla çevrili bir metropol. Kızıl saçlı, parlak yeşil gözlü, zeki bir genç kodlayıcı olan Ivy, ebeveynlerinin anılarını silen ve ona sessiz bir hayat bahşeden sistemi her zaman kabul etmiştir. Ancak şehrin merkezi ağında gömülü gizli bir yasak kod satırı keşfettiğinde, ütopyanın çalınmış hayatlar, silinmiş tarihler ve ruhu uyuşturan bir ilaç üzerine kurulu olduğunu fark eder.
Gerçeği arayışı, onları hapseden kuleleri tasarlayan, buz mavisi gözlü, çarpık yarım gülümsemeli ve dudağının yakınında bir güzellik lekesi olan siyah saçlı mimar Adrian ile kesişir. Adrian'ın da kendi sırrı vardır: Konsey liderinin oğludur ve yıllardır sistemi içeriden sessizce sabote etmektedir. İlk karşılaşmaları, birbirlerinin tehdit mi yoksa müttefik mi olduğundan emin olmadıkları tehlikeli, şehvet dolu bir kedi fare oyunudur.
Ivy ve Adrian daha derinlere indikçe, muhalifleri silip onları itaatkâr vatandaşlar olarak yeniden yazan bir program olan Yeniden Doğuş Protokolü'nü ortaya çıkarırlar. Ivy'nin kız kardeşi Clara da yeniden doğuş için işaretlenmiştir ve Adrian'ın babası şehri mükemmel tutmak için hiçbir şeyden çekinmeyecektir. Birlikte, Nina ve Konsey'in uygulayıcılarından kaçarken, Leo, Elias ve Oliver'ı da içeren kırılgan bir isyancı ittifakı kurarlar. Attıkları her adım güvenliklerinden bir parça kaybetmelerine neden olur ve her öpüşme ikisini de tehlikeye atabilecek bir risktir.
Hikayenin orta noktası her şeyi altüst eder: Ivy, silinen anılarının Adrian ile çocukluk bağını da içerdiğini, Konsey'in her ikisinden de çaldığı bir aşkı içerdiğini öğrenir. Güvenilir bir arkadaşın muhbir olmasıyla ihanet başlar, Clara kaçırılır ve Adrian babasının mirası ile Ivy'nin hayatı arasında seçim yapmak zorunda kalır. Son bölümde ise Ivy ve Adrian, şehir çapında bir uyanışa yol açarak Yeniden Doğuş Protokolü'nü kamuoyuna ifşa eder ve merkezi ağı çökertirler.
Doruk noktası, Ivy'yi şehri özgürleştirmek için kendi anılarını feda etmeye zorlar ve Adrian onu geri getirmek için mücadele etmek zorundadır. Sonunda Aegis düşer ve yeni, kusurlu, özgür bir dünya yükselir. Ivy ve Adrian birbirlerini mükemmel ruhlar olarak değil, nasıl hissetmeleri gerektiğini hatırlayan iki insan olarak seçerler.
