दीवारों से घिरे एजिस शहर में, हर नागरिक के शरीर में एक चिप लगी होती है जो बात मानने, प्रोडक्टिविटी और इमोशनल कंट्रोल को मापती है। आइवी, एक युवा आर्काइविस्ट जिसमें बागीपन छिपा है, उसे पता चलता है कि शहर का सही ऑर्डर मिटाई गई यादों और चुपचाप फांसी पर टिका है। जब उसे गलती से उन लोगों की एक लिस्ट मिल जाती है जिन्हें डिलीट करने के लिए मार्क किया गया है, जिसमें उसकी अपनी लापता माँ भी शामिल है, तो वह शहर की सबसे ज़्यादा वांटेड महिला बन जाती है।
एड्रियन काउंसिल का सबसे कम उम्र का एनफोर्सर है, एक ऐसा आदमी जिसे यह विश्वास दिलाया गया है कि ऑर्डर ही दया है। उसका काम उस आर्काइविस्ट को ढूंढना और चुप कराना है जिसने लिस्ट चुराई थी। लेकिन जब वह आखिरकार आइवी को घेर लेता है, तो उसकी पक्की ईमानदारी और उसके मिटाए हुए अतीत की यादें कुछ ऐसा जगा देती हैं जिसे चिप कंट्रोल नहीं कर सकती। उसे मारने के बजाय, वह उसे जाने देता है, और यही एक चॉइस उन दोनों को गद्दार बना देती है।
काउंसिल द्वारा पीछा किए जाने और जिन पर उन्होंने भरोसा किया था, उनसे धोखा मिलने के बाद, आइवी और एड्रियन एक कमज़ोर गठबंधन बनाते हैं जो धीरे-धीरे एक अटूट बंधन बन जाता है। जैसे-जैसे वे साथी इकट्ठा करते हैं, उन्हें शहर की स्थापना के बारे में सच्चाई का पता चलता है: एजिस उन लोगों की लाशों पर बनाया गया था जो भूलने से इनकार करते थे। आइवी की माँ उनमें से एक थीं। एड्रियन के पिता, जो काउंसिल लीडर थे, ने यह सब ऑर्डर किया था।
शहर में एक क्रूर सफ़ाई की कगार पर, आइवी को तय करना होगा कि उसे जिस सिस्टम ने पाला-पोसा है, उसे खत्म कर दे या उसे अंदर से सुधार दे। एड्रियन को उस पिता में से चुनना होगा जिसने उसे बनाया और उस औरत में से जिसने उसे आज़ाद किया। वे दोनों मिलकर एक क्रांति शुरू करते हैं जो या तो एजिस को बचाएगी या उसे जलाकर राख कर देगी, और उनका प्यार सबसे खतरनाक हथियार बन जाता है।
